竟日，论及兵法韬略，荀攸对答如流，曹操顾谓荀彧、钟繇曰："公达非寻常人也，吾得与之计事，天下当何忧哉！" 即日拜为军师，自此，荀攸的谋略之才，开始在曹营大放异彩。
建安三年（198 年），曹操征张绣，大军至穰城，见张绣与刘表互为犄角，久攻不下。荀攸进言："张绣骁勇，然仰食于刘表，刘表虽强，却无远略，久之必生嫌隙。不如缓攻，诱使张绣脱离刘表，然后各个击破。" 曹操急于求胜，不听，果遭张绣与刘表夹击，败退至安众。曹操悔悟，向荀攸致歉："不用君言，以至於此。" 荀攸却笑曰："今可伪退，设伏兵于险地，必破贼军。"
是夜，曹操令军士假装撤退，张绣果然来追，伏兵骤起，斩首万级。此战后，曹操对荀攸愈发倚重。同年征吕布，下邳城坚，吕布坚守不出，曹军连战疲惫，曹操欲还。荀攸与郭嘉力谏："吕布勇而无谋，今三战皆北，锐气已衰。陈宫有智而迟，若急攻之，布可拔也。" 遂引沂、泗之水灌城，月余城破，吕布被擒。曹操拍荀攸肩膀曰："公达之谋，胜十万雄兵，吾得公，如项羽得范增而能用之。"
建安五年（200 年），官渡前线，荀攸献策两计：其一，以粮草为饵，诱袁绍骑兵来抢，伏兵斩文丑；其二，派徐晃袭击袁绍运粮车，烧毁辎重。当许攸来降，众人疑其诈，唯荀攸与贾诩力劝曹操亲征乌巢："绍军粮尽，此存亡之机，若疑而不往，必失天下。" 曹操纳其言，果然大破袁军。
袁绍败后，袁谭、袁尚争冀州，曹操欲先攻刘表，荀攸谏曰："刘表坐保江汉，无四方之志，此自守之贼耳。袁氏据四州，带甲十万，若二子和睦，难图也；今兄弟相攻，正是破敌之时。若舍此南征，待其合力，悔之晚矣。" 曹操从之，终灭袁氏，统一北方。事后曹操上表献帝："军师荀攸，自初佐臣，无征不从，前后克敌，皆攸之谋也。宜加封赏，以彰其功。"
荀攸深知 "功高震主" 之危，从曹操征伐二十余年，虽屡献奇策，却谨守 "三不" 原则：不泄露机密，不夸耀功劳，不结党营私。曹操常对诸子说："公达外愚内智，外怯内勇，外弱内强，智可及，愚不可及，虽颜子、甯武不能过也。" 曹丕为世子时，曹操特意叮嘱："荀公达，人之师表，汝当尽礼敬之。"
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